本片以南京大屠殺這場浩劫為背景，講述了一群普通的南京民眾，一群手無寸鐵的男人和女人，在這個城市歷史上最為嚴(yán)酷寒冷的四十九日里，在不見天日的民族危亡之際，勇敢地同仇敵愾，共赴國難，互救自救，奮起抗?fàn)幍母腥斯适?。故事發(fā)生在1937年12月，日本軍官(文章 飾)黑巖大佐跟隨先頭部隊(duì)進(jìn)入了淪陷的南京城，他接受的任務(wù)是掩埋銷洗約五萬中國士兵的尸體，但他很快就發(fā)現(xiàn)，死亡平民的數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了預(yù)期。此時，在南京圣瑪?shù)聜惤烫美?，來了兩撥不速之客，以書娟為首的女學(xué)生和以玉墨(小宋佳 飾)為首的煙花女，讓英格瑪神父和法比(張嘉譯 飾)感到為難，她們殊途同歸只因?yàn)橐患?，逃難。接著，更多的人從四面八方逃入了教堂，其中包括青年少校戴濤(胡歌 飾)，老兵李全有(黃品沅 飾)和新兵王浦生(馬浩博 飾)。他們的到來，徹底打破了教堂的平靜。 為了隱藏罪證，黑巖大佐在南京尋找最符合大規(guī)模填埋尸體的地點(diǎn)，而最后找到的地方，正是圣瑪?shù)聜惤烫玫暮笤?。教堂也無法保全這些女人的性命了。于是，在教堂中活著的這些男人們，勇敢地站起來，一次次拼死換來了珍貴的水、糧食、醫(yī)藥和逃生的機(jī)會，用生命保護(hù)著藏在教堂中的女人們，直至最后的犧牲。而在男人們殺身成仁之后，女人們避無可避，她們或者進(jìn)行了最壯烈地抵抗，或者選擇了有尊嚴(yán)地死去。這就是在1937年四十九日里發(fā)生過的故事，一個有關(guān)浩劫的故事，一個記錄屠戮的故事，一個從來沒有被遺忘，也絕不該被遺忘的故事。