序幕：死亡通知單Darker的案子暫時(shí)告一段落，羅飛(郭京飛 飾)所在的專案組已經(jīng)解散。羅飛去警校任教，給學(xué)員們講解了Darker的案情：在一條偏僻的小巷里，一名女人遭到一蒙面的神秘人連捅數(shù)刀身亡，死者手法殘忍至極，羅飛經(jīng)驗(yàn)老道地對兇手的作案手法做了一一點(diǎn)評。從死者指甲斷裂的線索得到兇手作案時(shí)穿著雨衣，經(jīng)過一番分析，最終得出兇手是一名左手虎口處有刀傷的漁民。羅飛的分析絲絲入扣，臺下的掌聲如雷?，F(xiàn)場學(xué)員提出讓羅飛分享一下Darker的案情，卻引起了羅飛的心病，在他心里，Darker的案件并沒有完結(jié)。

羅飛看著同事穆劍云(甘露 飾)發(fā)來的郵件，他的思緒飛到了一年前。羅飛的未婚妻孟蕓在十多年前就已經(jīng)去世，但在一年前調(diào)查Darker案件時(shí)，孟蕓卻意外現(xiàn)身，接著又神秘消失。羅飛一心想找到孟蕓的下落，于是他來到東南亞某國，在毛警司的幫助下見到了東南亞路島監(jiān)獄的典獄長張海峰。羅飛請求張海峰幫忙安排他和薛天(魏千翔 飾)見面。羅飛在張海峰的安排下得以和孟寒會面，羅飛想從薛天口中得知孟蕓的下落。薛天卻讓他假扮Darker，引孟蕓現(xiàn)身。羅飛聽從了薛天的建議，穿上Darker標(biāo)志性的雨衣，穿梭在偏僻的小巷里。

暗黑者3海報(bào)

因果路案件：一早電視臺就報(bào)導(dǎo)了因果路發(fā)生肇事逃逸的新聞，被撞的段某當(dāng)場死亡，肇事車輛被鎖定著名企業(yè)家云笙之子云天明的跑車。隨后云家的司機(jī)杜某去投案自首，但其中疑點(diǎn)重重，大家都懷疑云笙買通司機(jī)替云天明頂包。這時(shí)羅飛接到上司丁局的電話，死亡通知單再次出現(xiàn)，召他盡快回警局調(diào)查案情。

因果路案情引起媒體和群眾的高度關(guān)注，精英隊(duì)二隊(duì)長全力以赴，在現(xiàn)場勘察。這時(shí)羅飛突然出現(xiàn)，兩人一年多未見面，一見面就開始掐架。二隊(duì)長根據(jù)車禍現(xiàn)場的蛛絲馬跡進(jìn)行分析，非常篤定地認(rèn)為司機(jī)杜替云天明頂包。二隊(duì)長勸羅飛申請調(diào)到精英隊(duì)，并說羅飛的專案組已經(jīng)解散，不要再游手好閑。羅飛卻說專案組隨時(shí)整裝待命，并當(dāng)著二隊(duì)長的面給專案組組員打電話，不過組員們各自忙于自己的工作，對案情并不感興趣。二隊(duì)長見狀趁機(jī)大肆譏笑羅飛。丁局帶著羅飛和二隊(duì)長來到專門為專案組設(shè)置的辦公室。二隊(duì)長取笑專案組的辦公室形同虛設(shè)，這時(shí)音樂聲響起，專案組的組員們一一登場。丁局給大家介紹了因果路案情，并說將給他們派遣一名警隊(duì)精英協(xié)助他們辦案，二隊(duì)長立馬毛遂自薦，丁局卻故意支走他，他心里早有了合適的人選。羅飛不愿外人加入專案組，謝絕丁局的好意，但丁局堅(jiān)持要給他們加派人手，態(tài)度堅(jiān)決。

羅飛領(lǐng)命后，立馬給組員們分派任務(wù)，大家分頭行動。羅飛來到云笙家中想向云天明了解案情，卻受到云笙的阻撓。云笙三言兩語就打發(fā)羅飛離開，這時(shí)他突然收到一段視頻。短信內(nèi)容是云天明被人綁住困在別墅浴缸里的視頻，浴缸的水龍頭被打開，只剩下十五分鐘的時(shí)間浴缸就被裝滿水，云天明命懸一線。云笙立馬向羅飛求救，羅飛以最快的速度趕往云家的別墅。途中遇到駕駛著摩托車趕去施救云天明的陸飄飄(趙茜 飾)，陸飄飄和羅飛暗中較勁，你追我趕。羅飛拉響警報(bào)直接闖紅燈，終于趕在陸飄飄前面到達(dá)別墅。羅飛正準(zhǔn)備讓手下去關(guān)水閘，這時(shí)陸飄飄趕到現(xiàn)場，她似乎對地形非常熟悉，徑直走向云天明被困的浴室，以最快的速度關(guān)閉水龍頭。羅飛不知陸飄飄身份，隨即拔出手槍指向她，命令她摘掉頭盔。

被獲救的云天明向羅飛介紹了陸飄飄的身份，陸飄飄是學(xué)犯罪心理學(xué)的，她告訴羅飛段某不是被云天明撞死的，當(dāng)時(shí)云天明喝得爛醉如泥，不省人事，根本沒有能力開車，這其中另有隱情。羅飛在浴缸邊發(fā)現(xiàn)一張死亡通知單，悄悄地收了起來。隨后在水閘邊又看到另一張通知單，兩張通知單的筆跡完全不同。說明現(xiàn)場出現(xiàn)了兩個(gè)Darker，警方順藤摸瓜抓住了假Darker，經(jīng)過審訊得知他只是替死者不平，出手懲治云天明。真Darker卻不知所蹤。

東南亞某國的路島監(jiān)獄剛接受了一批重罪犯人，其中一名叫杭文治的犯人看起來文質(zhì)彬彬，膽小怕事。他被監(jiān)獄的黃教官安排到薛天的牢房，杭文治初來乍到，就遭到牢頭平哥等人的欺負(fù)。