話說在紐約市的下水道之中住著四只功夫高強的忍者龜,它們跟隨著忍者師父—一只來自日本的超級大老鼠.一次偶然機會,它們救了一名正義的電視女記者,她也成為了唯一知道忍者龜藏身處的人.在多次行俠仗義后,他們與城市里的一個神秘組織結(jié)怨.這個組織招募了很多無知的青少年,教他們功夫,同時也指示他們做壞事.在神秘組織的一次突襲后,由于寡不敵眾,忍者神龜受了重傷,同時,他們的老師也被這個神秘……