話說在紐約市的下水道之中住著四只功夫高強的忍者龜，它們跟隨著忍者師父—一只來自日本的超級大老鼠。一次偶然機會，它們救了一名正義的電視女記者，她也成為了唯一知道忍者龜藏身處的人。在多次行俠仗義后，他們與城市里的一個神秘組織結怨。這個組織招募了很多無知的青少年，教他們功夫，同時也指示他們做壞事。