毒品調(diào)查科高級督察章文龍(吳卓羲 飾)和重案組高級督察汪國棟(黃宗澤 飾)分別收到情報有人在葵涌貨運碼頭做違法交易。只不過章文龍他們收到的情報是毒品交易，而汪國棟的線人卻告訴他這次的交易不僅僅是毒品這么簡單，涉及到軍火走私。章文龍的情報來自情報科，情報科高級督察丁浩然(馬國明 飾)向警務(wù)處處長潘學(xué)榮(吳啟華 飾)匯報了此事，潘學(xué)榮下令讓章文龍帶隊去現(xiàn)場。

章文龍看到社團聯(lián)義的毒梟文薩現(xiàn)身，知道他們在船上交易。而潘學(xué)榮通過監(jiān)控看到文薩他們用虛擬貨幣進行毒品交易，立馬下令讓章文龍采取行動。而汪國棟一直覺得這次毒品交易只是個幌子，大頭是軍火交易，但是他的線人給的情報不夠明確，他沒有足夠的證據(jù)說服潘學(xué)榮。

潘學(xué)榮剛下達了抓捕命令，現(xiàn)場就傳來了爆炸聲，潘學(xué)榮只能調(diào)飛虎隊來支援。警匪雙方展開了激烈地槍戰(zhàn)。文薩趁著混亂開著大貨車逃跑，章文龍立馬跟著緊追不舍。兩人在街頭上演生死時速。文薩費盡辦法也沒能甩掉文龍，文薩的貨車在行駛過程中翻車，章文龍沒能剎住車撞了上去，文薩喪生。留在現(xiàn)場支援的飛虎隊在貨船上搜不到價值一千萬的毒品，汪國棟越發(fā)肯定這次的交易并非毒品，而是他線人所說的軍火，他向潘學(xué)榮申請繼續(xù)追查。潘學(xué)榮見證據(jù)不足，不愿讓同志們跟著冒險，但汪國棟一再請求，潘學(xué)榮最終同意他在證據(jù)不足的情況追查此案。

汪國棟趕到碼頭阻止貨船離港，監(jiān)視不妙的外國人立馬開槍，想強行逃跑。汪國棟反應(yīng)敏捷，他開槍打死對方，并打開了貨柜檢查。這時從貨柜離掉出一枚導(dǎo)彈，汪國棟大驚失色，他冷靜下來后發(fā)現(xiàn)導(dǎo)彈被設(shè)置了定時炸彈，時間僅有十分鐘，一旦引爆導(dǎo)彈，破壞范圍可達到八公里。時間緊迫，已經(jīng)無法等待拆彈專家的支援，汪國棟向潘學(xué)榮請示，由自己來拆炸彈。汪國棟不顧危險，在最后一個拆除引爆裝置，扔進大海。

飛虎之雷霆極戰(zhàn)海報

潘學(xué)榮等人來到香港政府總部，向特首何惠英匯報案情，保安局局長要求汪國棟透露線人的消息，來證實情報的可信度，但潘學(xué)榮深知線人的保密，拒絕透露。何惠英讓警局和安全局緊密合作，盡快破獲此案并安撫市民的情緒。

潘學(xué)榮等人在警局門口被記者團團圍住，他們拿出碼頭現(xiàn)場的照片向潘學(xué)榮追問案情。飛虎隊總指揮駱家成(苗僑偉 飾)出面應(yīng)對牙尖嘴利的記者。

巖都裔的間諜凱爾帶走導(dǎo)彈程序出逃，他的妻女卻被法利群島的特工抓捕，逼他交出導(dǎo)彈程序。凱爾的妻子被殺害，他被迫和之前的合作方毀約，和法利群島的特工進行交易，但他們的交易被香港警方破壞，他一時無法離開，只能藏身于鬧市區(qū)。

交易失敗，法利群島的特工找到物流公司負責人，聯(lián)義的前任當家人青華叔，拿著槍逼他交代凱爾的下落。青華叔的手下唐永飛(梁競徽 飾)打發(fā)了特工，并從青華口中得知在灣仔的碼頭有一艘潛艇需要交易。

章文龍和汪國棟一同攔住丁浩然，逼問他要情報，丁浩然卻以送女兒為由脫身。章文龍和汪國棟正式介紹對方，兩人都是警隊里的精英，頗有惺惺相惜之意。

飛虎隊進行現(xiàn)場演戲作戰(zhàn)，他們訓(xùn)練有數(shù)，營救人質(zhì)動作干凈利落。朱議員質(zhì)疑警方演習有作秀之嫌疑，駱家成據(jù)理力爭，向在場的人解釋警方進行演習的用意，并擔保一定會保護市民的安全

潘學(xué)華和駱家華下班后去酒吧放松，潘學(xué)華正為聆訊的事煩憂，政府不愿插手國際糾紛，有些案件他們有心想查，卻被臨時叫停。他們空有一腔熱血，卻無用武之地。潘學(xué)華想盡快破了潛艇的案子，不愿再和以前一樣不了了之。駱家成建議將警隊各部門的精英聚集到一起，合力破案。潘學(xué)華有意讓駱家成負責帶隊。