紐約市，疫情爆發(fā)前四年，一個奇怪的醫(yī)生通過別人找到了一個奄奄一息的病人，他非但沒對這病人施以援手，還給他注射了藥物，從他的鼻孔里用針吸取了血液。視線轉回疫情爆發(fā)后的三年，沃倫等人抵達落基山脈西側的某處，由于卡桑德拉(PisayPao 飾)的狀態(tài)不是很好，所以她詢問西蒙，西蒙說他收到了莫奇醫(yī)生的電報，他們或許不再需要去加利福尼亞，轉而去科羅拉多即可。

沃倫將他們要去科羅拉多的柯林斯堡的消息告訴摩菲，摩菲只能跟著他們前去，在路途中，多克以為這次到科羅拉多后，護送摩菲的任務會結束，所以多克忍不住問起結束后他們各自的歸宿。沃倫不相信摩菲會乖乖地前去，所以給他拷上了手銬，摩菲為了懲罰他們，讓一群喪尸將車里的他們圍住，但最后他還護著眾人進入了那個地下的研究室，研究室已然癱瘓。畫面轉到利比亞西部的埃博拉隔離營駐地，那個醫(yī)生又殘忍地用針刺進一個患病的埃博拉患者的腦顱中。

西蒙通過一部手機，讓多克他們用電腦看這個研究所里邊的資料，是有關于H1N1病毒的資料，他們看到了一些視頻，是人類用動物做實驗研究疫苗的視頻，這不禁讓摩菲感到奇怪，為什么他們會在疫情爆發(fā)的前一年就知道要研究疫苗。多克知道這里不簡單，他們打算離開這里，但是摩菲想找到莫奇醫(yī)生，所以不肯離開這里。早在疫情爆發(fā)之前，就已經(jīng)有人在研究這種病毒，那位奇怪的醫(yī)生就是例子。隨著他們的深入，西蒙提醒他們，在他們回到外界世界之前，一定要做消毒，因為實驗室的檢疫隔離等級是一級戒備，一旦檢疫系統(tǒng)被破壞，這里就會遭到核彈轟炸，以確保完全摧毀。

他們消毒結束后，卡桑德拉就無法再堅持下去，一萬抱著她前進。他們遇到了變異的僵尸，摩菲無法控制他們，大力出奇跡的摩菲竟然硬生生將他們的頭擰了下來。疫情爆發(fā)前，那個醫(yī)生還找到了一個聽從指揮但沒有意識的人，他像之前一樣如法炮制抽取了他的腦髓?？ㄉ５吕呀?jīng)無法行進，他們只能將她置于一所房間內，摩菲跟她做最后的告別，未經(jīng)他人同意就咬了卡桑德拉，導致卡桑德拉變成了對摩菲言聽計從的人。

摩菲他們發(fā)現(xiàn)了那個被感染的技術員道爾，庫爾茨醫(yī)生則帶著兩個士兵找到了摩菲，而這邊的西蒙調查資料發(fā)現(xiàn)此人并不是庫爾茨，而是庫里安醫(yī)生，他竟然是嫌疑犯，在關鍵時刻西蒙提醒他們不要掉入庫里安醫(yī)生的險境。死而復活的卡桑德拉幫他們拖延了時間，可是多克中槍受傷，摩菲覺得西蒙騙了自己，所以未經(jīng)消毒就離開研究所，導致觸發(fā)了自毀裝置，很多導彈開始向研究所發(fā)射，西蒙所在的北極，也遭到了核彈的轟擊，這是末世的又一大毀滅性操作。