祁鈺心里清楚上皇是有意庇護(hù)允賢才臨時擬旨命于東洋于朝堂之上宣讀，于是更加對允賢心生厭惡，將她禁足于萬安宮。

南京水災(zāi)之后，發(fā)生瘟疫，疫情傳入北京。京中疫情險急，祁鈺在太監(jiān)(王豹 飾)曹吉祥(盧森堡 飾)的挑唆下，想趁局勢混亂借東廠之手除去為孫太后(何晴 飾)所用的五城兵馬司白晉，沒想到，被逼急的白晉不僅將京城大部分兵馬帶出了城，還將城門反鎖，京中因疫癥而死的尸體無法運出城門埋葬，疫情更加難以控制，城內(nèi)哀鴻遍地，連內(nèi)宮都能聽到百姓哭喪的聲音。

汪美麟(金晨 飾)提議祁鈺及太后一干人等去內(nèi)宮里太液池中的小島上避難，于東洋勸祁鈺身為國主此時應(yīng)坐鎮(zhèn)乾清宮，可祁鈺卻借故推脫。祁鈺本欲去萬安宮接允賢一同前往，可汪美麟催促他先走，并說她會派人去接允賢。允賢帶著宮女綠香(彭豆豆 飾)坐在汪美麟安排的前往小島的船上，船行至水中央，船上的小太監(jiān)竟欲將船鑿沉，允賢雖以木板將太監(jiān)打昏，但船已經(jīng)進(jìn)了水，搖搖欲墜，允賢和綠香也因此落水，險些溺水而亡，幸好被御藥房的兩名醫(yī)女發(fā)現(xiàn)，以麻繩將她們救起。

允賢帶同御藥房的醫(yī)女們出宮同太醫(yī)院及惠民藥局的人一起醫(yī)治瘟疫，允賢發(fā)現(xiàn)這種瘟疫的癥狀很像瓦剌蒙醫(yī)和她說過的黑死病，記起蒙醫(yī)都是用大黃湯醫(yī)治這種疫癥，便打算采用此法治療瘟疫，太醫(yī)們起初質(zhì)疑，但院判程村霞(張皓然 飾)卻同意并采納了允賢的建議。允賢見一老伯喉嚨被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去給老伯吸痰，就在這時，突然出現(xiàn)的上皇拉開允賢，用手指給老伯摳痰。原來，京城發(fā)生瘟疫之后，看守南宮的太監(jiān)們都逃散了，上皇得以出了南宮，一來查看京城瘟疫，二來也希望能在醫(yī)治瘟疫的醫(yī)者中見到允賢。

上皇與允賢在城中為了治療瘟疫而奔忙勞碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子們視作這次救治瘟疫的主心骨，允賢則因其妙手仁心被百姓奉為觀音下凡。在太醫(yī)院的男大夫和御藥房的醫(yī)女們的共同治療下，京城的疫情已經(jīng)得到有效控制，允賢一時興起，提出要帶領(lǐng)眾醫(yī)女與師兄掌管下的太醫(yī)院進(jìn)行比試，看哪邊治好的病人多。

允賢突發(fā)不適，疑似染上疫癥，上皇擔(dān)心，用手去摸允賢的額頭看她有無發(fā)熱之癥，祁鈺得知疫情緩解出宮查看，見上皇對允賢做出親密之舉，立即將其拉開。祁鈺命程村霞給允賢診脈，程村霞診斷出允賢并未感染疫癥，而有了身孕，祁鈺連同百姓都十分高興。