一架從波哥大起飛，秘密飛入美國領(lǐng)空，沒有記錄，滿載著囚犯的飛機(jī)墜毀在河岸。FBI對幸存者進(jìn)行審問，了解飛機(jī)的具體情況。幾名犯人都提到有一個(gè)戴著兜頭帽的囚犯與看守手拷著手上了飛機(jī)，此后機(jī)長槍殺看守和副駕駛，在情況緊急時(shí)，那個(gè)兜帽男指揮機(jī)長找安全地點(diǎn)迫降，之后把手砍掉逃走。而此時(shí)醫(yī)院正在緊急搶救一名身穿警服，手被砍掉的人。因?yàn)樾袆?dòng)小組解散，雷丁頓被關(guān)押在黑牢的囚室中，伊麗莎白想找雷丁頓協(xié)助調(diào)查墜機(jī)事件的請求也被駁回。菲奇到黑牢中與雷丁頓見面。菲奇作為情報(bào)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)人，也無法調(diào)查到墜毀飛機(jī)任何信息，只能認(rèn)為是與雷丁頓的死敵有關(guān)。因此為了自己的利益著想，菲奇安排雷丁頓“越獄”，讓雷丁頓去解決這顆定時(shí)炸彈。獲得自由的雷丁頓第一時(shí)間打電話，讓伊麗莎白把小組里的人都撤回調(diào)查局，以防不測。而萊斯勒和米拉已經(jīng)接到通知，到一間嘈雜的迪廳里抓捕在逃囚犯。當(dāng)萊斯勒檢查一些人證件時(shí)，米拉發(fā)現(xiàn)舞池里一個(gè)可疑人員，正要上前調(diào)查，可疑人員已逃進(jìn)舞池后的走廊。米拉尾隨在后，被躲在暗處的殺手割喉。等伊麗莎白帶人趕到，為時(shí)已晚。伊麗莎白找到雷丁頓，想知道為什么行動(dòng)小組會(huì)成為目標(biāo)。雷丁頓認(rèn)為行動(dòng)小組一次次破壞了柏林的計(jì)劃，因此為柏林不會(huì)容忍行動(dòng)小組的存在。伊麗莎白想到柏林獲得行動(dòng)小組名單的途徑只有一個(gè)——湯姆。審問了在迪廳抓獲的囚犯后，F(xiàn)BI知道飛機(jī)是屬于俄羅斯，事情本身是克格勃的秘密行動(dòng)。FBI知道，通過外交途徑不可能獲得飛機(jī)上的人員名單，只有讓雷丁頓出面。不負(fù)眾望，雷丁頓從俄羅斯大使處取得了名單。機(jī)上一共十名犯人，三名看守。兩名看守死亡，一名在搶救；三名囚犯被捕，四名死亡，其中一人被燒焦，正在尸檢調(diào)查身份，另有三名在逃。伊麗莎白和萊斯勒找到剛動(dòng)過手術(shù)的看守，希望能找出在逃的犯人里誰是柏林。但看守并不知道柏林是誰，只知道有關(guān)柏林的故事。蘇聯(lián)時(shí)期，柏林為克格勃工作，為救愛上政敵的女兒而被捕入獄。其女兒卻被敵人一塊塊送還給他。最后柏林把自己女兒的骨頭磨成刀，殺死獄警越獄，從此人間蒸發(fā)。但他一直在調(diào)查殺害女兒的兇手。對行動(dòng)小組的刺殺仍在繼續(xù)，米拉之后，庫珀也被襲擊，生命垂危。兇手在現(xiàn)場附近被逮捕。米拉慘死和庫珀遇襲讓原本遵守規(guī)定的萊斯勒一反常態(tài)的要勒死一言不發(fā)的兇手。在這種極端的方式下，終于知道了“柏林”的真正身份，米洛斯·帕維爾·金斯基，前俄羅斯特種部隊(duì)，前克格勃。雷丁頓找到菲奇，要求取得全球監(jiān)控的特權(quán)，以找到柏林的下落。雷丁頓終于告訴了伊麗莎白，山姆打算說出的故事。山姆受一個(gè)老友的委托，照顧一個(gè)父親死于大火的小女孩。山姆一直以來都隱瞞著伊麗莎白生父的真實(shí)身份，擔(dān)心她生父的身份會(huì)害死伊麗莎白。為了山姆，雷丁頓也絕不會(huì)告訴伊麗莎白，其生父的秘密。在菲奇的幫助下，終于找到了柏林的藏身處。雷丁頓只身前往，殺死守衛(wèi)，見到了久聞其名的柏林。在被射穿了右手左手后，柏林終于說出是為了報(bào)復(fù)2010年發(fā)生在貝魯特的事。但未說完，湯姆押著伊麗莎白進(jìn)入房間。柏林要湯姆殺了伊麗莎白，為自己失去的一切報(bào)仇。雷丁頓抬手開槍射穿了柏林的頭，隨后放下槍走向湯姆。湯姆舉槍向雷丁頓射擊，伊麗莎白趁機(jī)奪下湯姆的手槍。搏斗中，手槍走火射中湯姆腹部。雷丁頓本想上前解決湯姆，被伊麗莎白攔住。她想自己動(dòng)手。雷丁頓離開房間后，湯姆掙扎著告訴伊麗莎白一個(gè)秘密，伊麗莎白的生父還活著。說完后，湯姆無力的垂下腦袋。眾人本以為解決了柏林。但隨后關(guān)于被燒焦尸體的尸檢報(bào)告卻又掀起波瀾。根據(jù)DNA確認(rèn)，被燒焦的人并非罪犯而是看守。這時(shí)伊麗莎白等人才意識(shí)到，飛機(jī)上的兜帽人并非砍掉警衛(wèi)的手，而是自己的手。醫(yī)院里的人并非警衛(wèi)，而是囚犯，是真正的柏林。等伊麗莎白和萊斯勒趕到醫(yī)院時(shí)，柏林早已殺死警衛(wèi)逃之夭夭。伊麗莎白找到雷丁頓后，雷丁頓也承認(rèn)早已知道自己殺死的不是柏林。因?yàn)榇巳?010年與雷丁頓結(jié)怨，而柏林對雷丁頓生意上的攻擊比其早好幾年。雷丁頓不說出來的原因，就是讓柏林以為雷丁頓放松了警惕。經(jīng)歷了這些事后，伊麗莎白的生活被完全摧毀，搬出了現(xiàn)在的住宅，過著居無定所的日子。重傷的庫珀有了一絲生命的反應(yīng)。FBI在對假柏林房間搜查時(shí)，湯姆的尸體不翼而飛。逃走的柏林找到棲身地，看著女兒的照片，盤算下一步的計(jì)劃。雷丁頓離開前，伊麗莎白趕來送別。伊麗莎白說出湯姆臨死前告訴自己的秘密。雷丁頓確切的告訴伊麗莎白，當(dāng)年的大火不僅造成她右手的傷疤，也奪去了她父親的生命。為了尋找真相，伊麗莎白要與雷丁頓一起找到逍遙法外的柏林。(第一季本季終)