伊麗莎白已經(jīng)知道照片里的女孩就是她自己，而她的母親是一個(gè)傳奇般的俄羅斯女間諜。伊麗莎白被誣陷破壞國(guó)家情報(bào)機(jī)構(gòu)及用生化病毒謀殺參議員霍金斯，誣陷她的正是利益集團(tuán)組成的“秘社”。（詳見(jiàn)第20、21集）現(xiàn)在伊麗莎白的辦公室正被搜查，電話里，雷丁頓告訴伊麗莎白，她現(xiàn)在已經(jīng)完全被秘社掌控，有理也說(shuō)不清，想留下來(lái)證明清白只會(huì)是徒勞的，唯一的辦法就是逃出FBI再想法收集證據(jù)。伊麗莎白還是寄希望于庫(kù)珀能保護(hù)自己，但在庫(kù)珀辦公室外，她偷聽(tīng)到庫(kù)珀與康諾利的對(duì)話?？抵Z利那套伊麗莎白是俄羅斯間諜女兒，與雷丁頓合作擴(kuò)大犯罪帝國(guó)的說(shuō)辭，讓庫(kù)珀完全無(wú)法反駁。知道庫(kù)珀對(duì)自己的事也無(wú)能為力，伊麗莎白還是聽(tīng)從了雷丁頓的建議。辦公室里，康諾利還有曾做偽證、泄密及庫(kù)珀的妻子（第20集內(nèi)容），甚至用腦瘤試驗(yàn)威逼庫(kù)珀配合調(diào)查伊麗莎白。憤怒的庫(kù)珀把藥丟給康諾利，不想再受制于這個(gè)卑鄙小人。康諾利遂讓庫(kù)珀停職休假，直到調(diào)查結(jié)束。此時(shí)在事發(fā)現(xiàn)場(chǎng)化驗(yàn)病毒攜帶者的萊斯勒和納瓦比（第21集內(nèi)容）也發(fā)現(xiàn)了伊麗莎白很可能是攜帶致命病毒并感染參議員的嫌疑人。在聯(lián)系雷丁頓想逃出FBI的伊麗莎白，剛出電梯就被康諾利堵個(gè)正著。監(jiān)禁室里，伊麗莎白聲稱自己被秘社陷害，卻沒(méi)人相信。一個(gè)個(gè)證據(jù)都證明伊麗莎白是潛伏在FBI的俄羅斯間諜。只有司法部的賴特相信庫(kù)珀的為人，庫(kù)珀被停職反而讓她產(chǎn)生懷疑。因此賴特任命萊斯勒為此案的代理主管。此時(shí)伊麗莎白的檢血報(bào)告出爐，顯示她的血液里的確有殺死霍金斯議員的病毒。這讓萊斯勒感覺(jué)很棘手。心里憤怒難平的庫(kù)珀找到雷丁頓。雷丁頓戳破了他想走司法途徑解救伊麗莎白的幻想，只有用非法手段才能救伊麗莎白出來(lái)。FBI內(nèi)部的所有電源，包括備用電源都被雷丁頓在電力公司的朋友切斷。系統(tǒng)重啟到監(jiān)控?cái)z像頭恢復(fù)，這中間有90秒時(shí)間，在這段時(shí)間里伊麗莎白被內(nèi)應(yīng)救出監(jiān)禁室，再由庫(kù)珀電話指揮走緊急通道，最后有鄧比在外接應(yīng)。雖然中間碰到了萊斯勒，但萊斯勒假裝被打倒，讓伊麗莎白逃離。伊麗莎白與雷丁頓和庫(kù)珀碰頭，三人研究伊麗莎白是如何被感染上病毒。伊麗莎白思來(lái)想去，只有在聯(lián)合車站被“狼蛛”襲擊時(shí)（第21集內(nèi)容）最有可能。雷丁頓讓伊麗莎白到車站想辦法拿到當(dāng)時(shí)的監(jiān)控，自己則要去準(zhǔn)備另一場(chǎng)戰(zhàn)斗。伊麗莎白在庫(kù)珀的配合下取得了當(dāng)天襲擊自己的人的臉部照片，是病毒學(xué)家里奧·安德羅波，而并非之前認(rèn)為的“狼蛛”（第21集內(nèi)容）。正要著手尋找安德羅波時(shí)，庫(kù)珀接到律師電話，稱沙琳因向媒體泄密而被調(diào)查（第21集內(nèi)容）。伊麗莎白只能獨(dú)自找到飯店老板安東·威樂(lè)（第21集內(nèi)容），詢問(wèn)安德羅波的下落。而對(duì)于伊麗莎白母親凱特琳娜·羅斯托娃的事，安東閉口不談。伊麗莎白知道是雷丁頓授意安東不要說(shuō)。伊麗莎白找到住在游艇里的湯姆，請(qǐng)他幫忙尋找安德羅波。在安東所說(shuō)的安全屋里，兩人沒(méi)來(lái)得及阻止安德羅波逃跑。經(jīng)過(guò)一場(chǎng)馬路追逐后，安德羅波在撤離點(diǎn)被自己人滅口，最后一個(gè)能證明伊麗莎白清白的人也死了。所幸伊麗莎白在安全屋里找到一個(gè)U盤(pán)，里面竟然是庫(kù)珀的病歷資料。得知自己的主治醫(yī)生萊溫居然是為秘社服務(wù)，憤怒的庫(kù)珀沖進(jìn)萊溫的辦公室，掐著他的脖子質(zhì)問(wèn)他所謂的試驗(yàn)是不是根本就不存在。萊溫只能交待庫(kù)珀完全健康，病歷都是偽造的，疾病反應(yīng)都是藥物作用，感覺(jué)好轉(zhuǎn)只是減輕藥量而已。這些都是安德羅波設(shè)計(jì)的。雷丁頓的另一場(chǎng)戰(zhàn)斗開(kāi)始了，他劫持了世界上最優(yōu)秀的十幾名調(diào)查記者，向他們展示了支點(diǎn)里，幾十年來(lái)那些有權(quán)有勢(shì)的權(quán)貴們所參與的陰謀，這些權(quán)貴形成的組織被稱為“秘社”。雷丁頓希望他們能調(diào)查、挖掘這些真相并向世人公開(kāi)，但也警告他們期間巨大的風(fēng)險(xiǎn)是不可避免的。庫(kù)珀掌握了康諾利威脅萊溫醫(yī)生偽造病例的證據(jù)，立刻與伊麗莎白一起找到康諾利，要他停止現(xiàn)在所做的一切，還伊麗莎白清白，解除對(duì)沙琳的指控，恢復(fù)庫(kù)珀的職務(wù)，叫“主任”不要再去動(dòng)雷丁頓，否則就將證據(jù)提交給FBI?？抵Z利不屑一顧的嘲笑兩人。他現(xiàn)在已經(jīng)被任命為司法部長(zhǎng)，整個(gè)司法部門(mén)都在他的掌握之下，根本不懼任何威脅，甚至可以輕而易舉的讓行動(dòng)小組成員全部入獄。忍無(wú)可忍的伊麗莎白開(kāi)槍打死了這個(gè)偽君子。在康諾利倒下的瞬間，伊麗莎白想起火災(zāi)當(dāng)晚發(fā)生過(guò)同樣的情形，那天是自己開(kāi)槍殺死了在傷害母親的人——自己的父親。隨后伊麗莎白就像當(dāng)年一樣，驚慌的逃離。在指定地點(diǎn)，雷丁頓找到伊麗莎白。伊麗莎白知道雷丁頓封閉她的記憶并不肯說(shuō)出真相，都是為了保護(hù)她不受這段痛苦記憶的折磨。雷丁頓像父親般安慰伊麗莎白，希望她不要被痛苦折磨，變成像他一樣的人。隨后雷丁頓帶著伊麗莎白開(kāi)始逃亡。而伊麗莎白也被FBI列為首要逃犯，被全球通緝。庫(kù)珀交出證件接受調(diào)查?！爸魅巍狈_(kāi)報(bào)紙即看到頭版上有關(guān)秘社陰謀的報(bào)導(dǎo)。湯姆開(kāi)著游艇離開(kāi)碼頭。萊斯勒、納瓦比和阿蘭姆則要開(kāi)始對(duì)伊麗莎白進(jìn)行調(diào)查。(第二季本季終)